«Чёрная лагуна» — небольшая команда контрабандистов, которая берётся за перевозку самых разных грузов по Южно-Китайскому морю, не брезгуя и откровенно незаконными заказами. Вместе с Рокуро Окадзимой они пробираются через опасные воды, где на каждом шагу встречаются пираты, наёмники и люди, привыкшие решать дела оружием. Их маршрут проходит через тёмную изнанку Таиланда, Филиппин, Малайзии, Индонезии и даже Японии, где обычные правила давно перестают работать.
В Роанапуре, городе, ставшем притоном для преступников со всего мира, сталкиваются интересы китайской, итальянской, колумбийской и русской мафии. Балалайка, Роберта, Леви, Датч и Бенни оказываются втянуты в цепочку опасных сделок, перестрелок и предательств, где любая ошибка может стоить жизни. Пока разные группировки борются за власть и влияние, «Чёрная лагуна» продолжает идти своим курсом, лавируя между войной банд, хаосом и собственными рискованными заказами.